À la destitution du baron Haussmann, en 1870, il reste en poste et à la chute du Second Empire, il est maintenu directeur des travaux de Paris.
Il est fait grand-croix de la [[Légion d'honneur]] en 1889.
Jean-Charles Alphand est inhumé au cimetière du Père-Lachaise, dans la 66{{e}} division.
[[Catégorie:Personnalité enterrée au cimetière du Père-Lachaise (division 66)]]
[[Catégorie:Urbanisme parisien]]
[[Catégorie:Grand-croix de la Légion d'honneur]]